Việc sáp nhập doanh nghiệp liên quan đến tài chính, việc quản lý nhà nước của nhiều doanh nghiệp nên thủ tục sáp nhập cần tuân theo quy định của pháp luật.
 
Luật doanh nghiệp không có quy định về giải quyết thủ tục thuế của các doanh nghiệp khi thực hiện sáp nhập mà chỉ quy định chung về việc công ty nhận sáp nhập sẽ thừa hưởng quyền và nghĩa vụ của công ty sáp nhập. Nếu chỉ căn cứ và quy định của pháp luật doanh nghiệp hiện hành thì có thể hiểu doanh nghiệp bị sáp nhập không cần quyết toán và đóng cửa mã số thuế trước khi tiến hành sáp nhập. Tuy nhiên, tại thông tư 95/2016/TT-BTC hướng dẫn về đăng ký thuế thì có đưa ra quy định về việc chấm dứt hiệu lực mã số thuế khi thực hiện sáp nhập doanh nghiệp. Theo đó, doanh nghiệp phải hoàn thành các nghĩa vụ:

- Nộp Báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn theo quy định của pháp luật về hoá đơn;
- Người nộp thuế hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế theo quy định tại Điều 41, Điều 42 Thông tư số 156/2013/TT-BTC;
- Trường hợp đơn vị chủ quản có các đơn vị trực thuộc thì toàn bộ các đơn vị trực thuộc phải hoàn thành thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế trước khi chấm dứt hiệu lực mã số thuế của đơn vị chủ quản.

Vì vậy, để thuận tiện cho doanh nghiệp trong việc thực hiện các thủ tục khi sáp nhập, pháp luật doanh nghiệp cần bổ sung quy định về nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp bị sáp nhập được thực hiện trước hay sau khi tiến hành sáp nhập doanh nghiệp theo hướng dẫn chiếu sang quy định pháp luật về thuế.