Trước tiên phải kể đến sự mâu thuẫn và chồng chéo giữa Luật Doanh nghiệp và Luật Đầu tư. Luật Doanh nghiệp và Luật Đầu tư là hai đạo luật luôn đi đôi với nhau để điều chỉnh tất cả các vấn đề liên quan đến doanh nghiệp.

Phạm vi điều chỉnh của Luật Doanh nghiệp là việc thành lập, tổ chức quản lý và hoạt động của doanh nghiệp; còn phạm vi điều chỉnh của Luật Đầu tư là hoạt động đầu tư nhằm thực hiện mục đích kinh doanh. Phạm vi điều chỉnh của hai luật này về nguyên tắc hoàn toàn tách bạch nhau, nhưng khi đi vào chi tiết lại chồng chéo nhau.

Liên quan đến vấn đề hoạt động của doanh nghiệp, lẽ ra Luật Đầu tư chỉ cần điều chỉnh việc cấp giấy chứng nhận đầu tư nhằm xác nhận những ưu đãi mà dự án được hưởng, nhưng trên thực tế, Luật Đầu tư lại điều chỉnh cả việc cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh cho doanh nghiệp bằng quy định: Giấy chứng nhận đầu tư đồng thời là giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh (Điều 50 Luật Đầu tư).

Như vậy, Luật Đầu tư đã điều chỉnh cả việc thành lập doanh nghiệp, lấn vào sân Luật Doanh nghiệp, gây nên những vướng mắc khó giải quyết.

Ví dụ, một doanh nghiệp có giấy chứng nhận đầu tư đồng thời là giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh có quyền thay đổi đăng ký kinh doanh tại cơ quan đăng ký kinh doanh không? Đây là câu hỏi rất khó trả lời, bởi theo cách nhìn của Luật Doanh nghiệp, thì những doanh nghiệp trên chưa được cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh.

Rõ ràng, việc không tách bạch vấn đề thẩm quyền đăng ký kinh doanh của hai luật này đã gây ra khó khăn cho doanh nghiệp.

Mặt khác, Luật Đầu tư còn phân biệt đối xử giữa nhà đầu tư trong nước và nhà đầu tư nước ngoài. Nhà đầu tư trong nước phải đăng ký dự án đầu tư theo Luật Đầu tư và thành lập tổ chức kinh tế theo Luật Doanh nghiệp; còn nhà đầu tư nước ngoài chỉ cần có giấy chứng nhận đầu tư đồng thời là giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh.

Tuy nhiên, sau khi nhận được giấy chứng nhận đầu tư, nhà đầu tư cũng không vì thế mà có thể cắt bỏ được các giấy phép khác như giấy phép xây dựng, giấy phép của cơ quan quản lý đất đai, giấy phép của cơ quan quản lý môi trường và các giấy phép khác liên quan đến hoạt động của dự án đầu tư đó. Giấy chứng nhận đầu tư không thay thế được các loại giấy phép trên.

Vậy, doanh nghiệp cần giấy chứng nhận đầu tư để làm gì? Bởi theo nguyên tắc, doanh nghiệp đã được cấp giấy chứng nhận đầu tư là đã đủ điều kiện để đầu tư (các điều kiện về dự án đầu tư đó đều đã hợp pháp), thì tại sao lại buộc nhà đầu tư phải xin các loại giấy phép khác nữa?

Không những thế, có rất nhiều luật đang tiếm quyền đăng ký kinh doanh của các chủ thể có thẩm quyền được quy định trong Luật Doanh nghiệp bằng cách gắn giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh vào một giấy phép hoạt động.

Ngoài Luật Đầu tư ra thì còn có Luật Kinh doanh bảo hiểm, Luật Chứng khoán. Ví dụ, Điều 65 Luật Kinh doanh bảo hiểm quy định: Giấy phép thành lập và hoạt động đồng thời là Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh. Còn theo Khoản 2 Điều 59 Luật Chứng khoán, thì “Uỷ ban Chứng khoán Nhà nước cấp giấy phép thành lập và hoạt động cho công ty chứng khoán, công ty quản lý quỹ. Giấy phép này đồng thời là giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh”.

Các luật trên đã lợi dụng khoản 2 Điều 3 của Luật Doanh nghiệp để “gặm nhấm” quyền đăng ký kinh doanh của các chủ thể có thẩm quyền được Luật Doanh nghiệp quy định. Các luật chỉ cần thêm hai từ “đồng thời” là coi như hoàn thành việc vô hiệu lực từng phần Luật Doanh nghiệp để giành lấy quyền đăng ký kinh doanh cho cơ quan quản lý ngành, lĩnh vực mà các luật đó điều chỉnh.

Trong khi nhiệm vụ chủ yếu của các cơ quan này chỉ nên dừng lại ở việc cấp giấy phép hoạt động cho các doanh nghiệp, còn quyền cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh là của cơ quan đăng ký kinh doanh, phục vụ lợi ích chung cho nhà đầu tư. Hệ quả tất yếu của việc làm trên là sự rối loạn, không thống nhất trong việc quản lý doanh nghiệp ở tầm vĩ mô.

Để khắc phục sự chồng chéo giữa các quy định của Luật Doanh nghiệp và pháp luật chuyên ngành nhằm đảm bảo quyền tự do thành lập doanh nghiệp, cần thống nhất việc quản lý nhà nước về doanh nghiệp, để cho việc quản lý doanh nghiệp phù hợp với thực tế hiện nay.

Cụ thể, phải trả lại thẩm quyền đăng ký kinh doanh cho chủ thể có thẩm quyền được quy định theo Luật Doanh nghiệp. Cơ quan đăng ký kinh doanh phải là cơ quan duy nhất có thẩm quyền cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh cho doanh nghiệp. Các cơ quan khác chỉ có chức năng kiểm soát điều kiện hoạt động của doanh nghiệp trong lĩnh vực mình phụ trách.

Cơ quan có thẩm quyền ban hành văn bản hướng dẫn thực hiện áp dụng thống nhất về đăng ký kinh doanh đối với tất cả các ngành nghề, không để tình trạng các luật chuyên ngành lấn sân Luật Doanh nghiệp, tạo sự chồng chéo trong việc quản lý doanh nghiệp.

Đồng thời, xác định rõ nhiệm vụ của cơ quan đăng ký kinh doanh, thiết lập một hệ thống cơ quan đăng ký kinh doanh từ Trung ương đến cấp tỉnh, huyện.

Coi việc cấp giấy chứng nhận đầu tư, cấp giấy phép hoạt động là những hoạt động độc lập với việc đăng ký kinh doanh cho doanh nghiệp. Bởi, việc cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh là nhằm xác lập tư cách pháp nhân cho doanh nghiệp. Nó hoàn toàn khác với việc cho phép doanh nghiệp hoạt động trong một ngành nghề, lĩnh vực nào đó.

Thực hiện thống nhất nguyên tắc: đã hoạt động kinh doanh thì trước tiên phải đăng ký kinh doanh để xác lập tư cách pháp nhân của chủ thể kinh doanh, sau đó cấp giấy phép hoạt động, cấp giấy chứng nhận đầu tư ngành nghề gì thì cấp.